一、lncrna全称?
lncRNA,全称“长链非编码RNA”(long non-coding RNA),是近年来RNA方向的研究热门。
以前只是各种听说,没正儿八经地做过lncRNA的测序分析。最近接到新任务,所以来了解了解,本人实在健忘,所以记下lncRNA的基础信息。
lncRNA特点?
1)长度在200-100000nt之间的RNA分子;
2)具有mRNA样结构,有polyA尾巴和启动子样结构;
3)不编码蛋白。
在生信分析中,往往会去除
有蛋白编码家族的转录本;
去除有编码能力的RNA来筛选lncRNA;(工具:CPAT,CNCI,CPC,PLEK)
为什么lncRNA要采用链特异性建库?
熟悉lncRNA测序的朋友们肯定知道,lncRNA测序多采用链特异性建库。其原因为:
1)lncRNA的来源是具有链特异性的;
2)lncRNA来源就是编码蛋白(mRNA)基因的反义链,是传说中的天然反义lncRNA(NAT-antisense lncRNA);如果是普通非链特异性建库,那么序列是来自mRNA,还是NAT-antisence LncRNA就难以区分了;
3)链特异性建库可更准确地统计转录本的数量和确定基因的结构,准确区分获得的转录本来自基因组哪条链。
二、lncrna合成需要什么?
lncrna合成四环素族抗生素18%、脱脂乳粉23% 、藻酸 苏打3%
三、为什么lncrna称为非编码rna?
长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。
lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA(相应的蛋白编码RNA的比例是1%),虽然近年来关于lncRNA的研究进展迅猛,但是绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。
四、如何预测lncrna与mirna之间的关系?
有免费的在线数据库可以预测,比如 StarBase,这是一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合多个预测软件,预测miRNA靶基因,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。
整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
构建了最全面的包含了14种癌症类型(>6000个样本)Pan-Cancer(泛癌)表达图谱和互作网络。
五、预测lncrna靶基因的软件都有哪些?
不知道佳学基因采用的是什么软件。它们在这个领域实力很强。
六、如何利用tcga数据库进行差异的lncrna分析?
DataTable dt = new DataTable()
;dt.Columns.Add(new DataColumn("PreRevDate0", typeof(decimal)))
;DataColumn col = new DataColumn()
;col.ColumnName = "PreRevDate1"
;col.Expression = "ABS(Convert.ToInt32(PreRevDate0))"
;col.DataType = typeof(decimal)
;dt.Columns.Add(col)
;DataRow dr = dt.NewRow()
;dr["PreRevDate0"] = -1;dt.Rows.Add(dr);
七、lncRNA是怎么来的,是DNA转录吗还是本身就有?
长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA。
非编码RNA是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子,其中常见的具调控作用的非编码RNA包括小干涉RNA、miRNA、piRNA以及长链非编码RNA。IncRNA是DNA转录来的,不翻译为蛋白。八、lncRNA数据库:探索长非编码RNA的宝库
什么是lncRNA?
lncRNA(长非编码RNA)是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子,不编码蛋白质,但在基因表达调控中发挥着重要作用。
lncRNA数据库的意义
随着对lncRNA功能的认识不断深入,研究者对lncRNA数据库的需求日益增加。lncRNA数据库为科研人员提供了大量的lncRNA数据信息,包括序列、结构、表达谱、功能预测等,为科学研究提供了坚实的基础。
国内外知名lncRNA数据库
国际上,知名的lncRNA数据库包括LNCipedia、NONCODE、LncRNADisease等,它们涵盖了丰富的lncRNA信息资源,为科研人员提供了便利。
国内的lncRNA数据库发展也日趋完善,如LncRBase、LncRNADisease、CLNcDB等,这些数据库以覆盖中国人群为主,汇集了大量本土lncRNA数据,满足了国内研究的需求。
lncRNA数据库的应用
基因功能预测:研究人员可以通过lncRNA数据库获取lncRNA的序列特征,并对其功能进行预测,有助于理解lncRNA在基因组功能中的作用。
疾病研究:研究人员可以利用lncRNA数据库查找与特定疾病相关的lncRNA信息,从而深入研究相关疾病的发病机制。
药物开发:通过分析lncRNA数据库中的信息,可以发现某些lncRNA在疾病发展中的重要作用,为相关药物的研发提供新的思路。
结语
lncRNA数据库在当前生命科学研究中具有重要意义,它为科研人员提供了丰富的lncRNA数据资源,推动了lncRNA功能的探索与研究。通过充分利用lncRNA数据库,我们可以更好地理解lncRNA在生命活动中的作用,为疾病防治和新药研发提供支持。
感谢您阅读本文,希望本文能够帮助您更好地了解lncRNA数据库及其应用价值。
九、电脑芯片和电脑芯片是什么关系?
电脑芯片①和电脑芯片②分别指什么芯片?
这问题问的我一头雾水(๑•̌.•̑๑)ˀ̣ˀ̣
十、重庆的芯片公司?
重庆半导体挺发达的,封测和功率半导体都很强。这里聚集着大批集成电路半导体企业。包括SK海力士、平伟实业、嘉凌新等封测企业,恩智浦、紫光展锐、中星微电子、伟特森、中科芯亿达、雅特力科技、重庆西南集成电路设计、芯思迈、弗瑞科技、物奇科技等芯片设计企业,华润为电子、中科渝芯、AOS万国半导体、紫光DRAM存储芯片、信芯量子等半导体制造企业。
相关FAB厂,重庆已经建成或正在建设的12英寸半导体项目包括华润微12英寸功率半导体晶圆产线项目、重庆万国12英寸功率半导体芯片制造及封装测试生产基地、以及CUMEC公司12英寸高端特色工艺平台等。
其中,华润微电子重庆12吋晶圆制造生产线及先进功率封测基地已经双双通线。项目总投资75.5亿元,项目建成后预计将形成月产3-3.5万片12英寸中高端功率半导体晶圆生产能力,并配套建设12英寸外延及薄片工艺能力。
重庆万国是全球第一家集12英寸芯片及封装测试为一体的功率半导体企业,具全球最尖端的电源管理及功率器件的自有产品的芯片制造与封装测试。项目总投资10亿美元,将逐步构建起包括芯片研发、设计、制造、封装、测试等环节的完整产业链,促进重庆电子信息产业从笔电基地到“芯屏器核”智能终端的全产业的生态链布局。
CUMEC公司是重庆市政府重磅打造的国家级国际化新型研发机构,首期投资超30亿元,主要围绕高端工艺开发和产品核心IP协同设计的定位,构建硅基光电子、异质异构三维集成、锗硅射频等高端工艺研发平台,在3-5年逐步建成国际主流的8吋先导特色工艺以及国际一流的12吋高端特色工艺平台,计划投资超百亿元。