《终结者1》中的T800型号机器人最初确实是被派遣去刺杀康纳的，但在《终结者2》中，另一台T800型号机器人被改写程序后用来保护康纳。以下是具体原因：
不同个体：T800型号机器人并非只生产了一台。在《终结者1》中，那台被施瓦辛格饰演的机器人是派遣去刺杀康纳的。然而，在《终结者2》中出现的T800是一个全新的个体。
程序改写：在《终结者2》中，这台新的T800型号机器人被人类反抗军捕获，并且其程序被改写，从原本的刺杀任务变为了保护未来的反抗军领袖康纳。
因此，尽管T800型号机器人在两部电影中的行为看似矛盾，但实际上是由于涉及的是不同的个体，并且其中一台的程序被人为改写所致。